在蛋白质组学研究中，C端肽的准确定序对于解析蛋白质翻译后修饰、降解信号识别及新功能肽段发现具有重要意义。C端区域通常承载着多种功能性结构，然而由于结构异质性强、信号弱和酶切限制等因素，C端肽的质谱解析始终面临挑战。随着Orbitrap质谱技术的成熟，高精度C端肽测序已成为可能。本文将系统探讨Orbitrap如何在C端肽识别中实现高分辨、低误差与强覆盖的综合优势。

一、C端肽测序的挑战与技术壁垒

C端肽作为蛋白质序列的末端区域，其解析难点主要体现在以下几个方面：

• 酶切效率低：主流酶切策略主要面向N端邻近的K/R位点，不利于C端片段的完整释放；
• 肽段异质性高：C端肽缺乏统一结构特征，易产生长度及修饰多样的片段；
• 信号强度弱：在复杂样本中，C端肽丰度低，常被背景信号干扰；
• 谱图复杂性高：C端肽往往携带翻译后修饰（如酰胺化、泛素化等），碎裂后谱图特征不典型，影响序列还原。

因此，C端肽的识别不仅依赖硬件性能，更需要整体流程的协同优化。

二、Orbitrap技术的关键优势

Orbitrap作为高分辨质谱平台，在C端肽测序中具备多项核心技术优势：

1、高分辨率与质量精度

Orbitrap具备≥240,000的分辨率和亚ppm质量精度，能够有效分辨质量接近的肽段异构体，显著提升肽段识别的特异性与准确性。对于C端肽这种结构不规则、修饰复杂的分子尤为关键。

2、多模式碎裂能力

Orbitrap支持HCD、ETD、EThcD等多种碎裂模式组合，特别是EThcD模式可在保留修饰信息的同时产生连续性更强的b/y/c/z离子系列，为C端结构解读提供丰富的信息维度。

3、广谱数据采集能力

通过支持DIA和PRM等高覆盖数据采集模式，Orbitrap可在不牺牲灵敏度的前提下兼顾肽段定性与定量，尤其适用于低丰度的C端肽检测。

三、实现高精度C端肽测序的策略

1、酶切与样本处理优化

采用特异性更强的酶切策略是C端保留的关键。例如使用GluC、AspN等对C端区域识别能力更优的蛋白酶，在特定反应条件下可更有效释放完整C端肽段。辅以胰酶二次消化或限时反应控制，可进一步减少非特异性片段干扰。此外，采用选择性富集策略（如疏水性分级、化学衍生化）可提升C端肽的检测概率。

2、高分辨采集与目标窗设定

在Orbitrap平台中，采用DIA策略进行全扫描采集，配合优化的窗口设计与C端特异性肽段库，可显著提高数据采集的全面性和靶向性。对于高通量项目，PRM模式可实现对特定C端肽的精准监测。

3、高质量碎裂与谱图解析

HCD与EThcD的碎裂组合能生成更丰富的离子类型，有助于重建非典型C端肽的结构信息。Orbitrap的高信噪比和精准碎裂离子检测能力，使得即使复杂修饰肽段也能实现稳定鉴定。

4、数据库与算法协同增强识别率

通过构建C端特异性序列数据库，并结合AI辅助的谱图匹配与肽段打分系统，可进一步提升C端肽的鉴定通量与准确性。当前的深度学习模型在识别非经典碎裂模式中表现出明显优势，已成为C端测序不可或缺的部分。

四、应用于功能性C端研究的潜力

高精度C端肽测序广泛应用于以下研究方向：

• 蛋白降解路径分析：C端序列决定蛋白酶识别位点，如PROTAC研究中的degron信号解析；
• 翻译后修饰定位：包括C端酰胺化、磷酸化、泛素化等功能性修饰的精确定位；
• 新肽段发现与抗原预测：对MHC-I类呈递肽、免疫原性片段等的识别具有实际意义；
• 蛋白加工机制研究：揭示信号肽剪切、C端延伸等生物合成调控路径。

在这些研究场景中，Orbitrap凭借其结构解析能力和定量稳定性，为科学发现提供了可靠的数据支撑。

C端肽测序正在成为蛋白质组学中不可忽视的新增长点。Orbitrap技术通过高分辨、高精度和多维碎裂能力，为破解C端肽结构信息提供了强有力的工具支持。在此基础上，结合酶切优化、数据采集策略和算法模型，C端肽的系统性识别已迈入可大规模应用的阶段。百泰派克生物科技基于先进的Orbitrap质谱平台和完善的数据处理流程，构建了高度可定制化的C端肽测序技术服务。如您有多肽测序相关研究需求，欢迎联系我们的技术团队，获取定制化技术建议与实验支持！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目